Фамилия Магалеева — женская форма фамилии Магалеев, и её разбор стоит начать именно с мужского варианта. В центре внимания здесь не столько корень, сколько редкий суффикс -еев. В русских фамилиях суффикс -ев обычно присоединяется к основам на мягкий согласный или на -й (например, Андреев, Григорьев). Но в фамилии Магалеев основа заканчивается на твёрдый «л», что нетипично: по правилам следовало бы ожидать форму Магалов. Такое отклонение — верный признак того, что перед нами не великорусская, а скорее тюркская или булгарская модель образования.

Самая вероятная версия выводит фамилию от татарского или башкирского имени Магалей (Магалей, Мәгали). Оно восходит к арабскому «магали» — «высокий», «возвышенный», «великий». В исламской ономастике это один из эпитетов, который мог даваться ребёнку как пожелание высокого положения или как часть составного имени (например, Магали-Мухаммад). Фамилии на -еев в татарской среде образовывали именно от таких имён, причём часто фиксировали местное произношение: конечный «й» переходил в «ев», а не в «ов». В русских метрических книгах Поволжья и Приуралья фамилию могли записать с одним «л» — Магалеев, хотя исходное имя пишется с двумя: Магалли, Магалей.

Есть и более бытовая, но менее убедительная версия — связь с диалектным словом «магаля» (в некоторых говорах — «болтун», «пустомеля»). Однако прозвищный корень «магал-» в русских говорах встречается редко, а для фамилий с суффиксом -еев это вообще нетипично. Если бы основа была русским прозвищем, скорее возникла бы форма Магалов или Магалин. Поэтому версия с тюркским именем главная.

Географически фамилия Магалеева чаще всего встречается среди татар и башкир, особенно в южных районах Татарстана, в Башкортостане и Оренбургской области. Встречается она и у русских, но, как правило, в тех же регионах — это следствие смешанных браков или давней русификации тюркских родов. В дореволюционных ревизских сказках носители фамилии числились в основном государственными крестьянами и мещанами, среди дворянства она не фиксируется.

По написанию важно: в документах XIX века встречаются варианты Магалиев, Магалеев и даже Магаляев. Разнобой объясняется тем, что писцы на слух передавали мягкость конечного согласного в имени Магали, а суффикс -ев при этом оставался неизменным. Современная орфография закрепила форму Магалеева, и она стала основной.