Скорее всего, прозвище Марготный ведет свое начало от польского слова markotny – «печальный, грустный». Вероятно, так называли меланхоличного человека. Таким образом, фамилия Марготнов может указывать на особенности характера предка. Однако существует и другая гипотеза, согласно которой Марготнов – русифицированная немецкая фамилия Марготен. В этом случае в основе фамилии лежат два немецких слова: mar – «мягкий, рыхлый, хрупкий» и Goten - «готы». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Марготный, со временем получил фамилию Марготнова.