Фамилия Марготнова — редкая и неоднозначная по происхождению. Скорее всего, в её основе лежит прозвище Марготный, которое восходит к польскому слову markotny — «печальный, грустный». Так могли назвать человека с меланхоличным характером, склонного к задумчивости или унынию. Учитывая, что суффикс -ов- типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или прилагательных, версия с польским корнем выглядит логичной: фамилия могла появиться в западнорусских или украинских землях, где было заметно польское влияние.

Существует и альтернативная гипотеза, согласно которой Марготнов — русифицированная немецкая фамилия Марготен. В этом случае основу разбирают на два компонента: немецкое mar («мягкий, рыхлый, хрупкий») и Goten («готы»). Такое объяснение менее убедительно: сочетание «мягкие готы» звучит искусственно и не даёт ясного прозвищного или профессионального смысла. Скорее всего, это народная этимология, возникшая из-за созвучия.

Интересна и сама модель образования. Фамилия оканчивается на -ов, а не на -ин, что типично для основ на согласный. В женской форме Марготнова сохраняется та же структура. Встречается она крайне редко, что говорит либо о локальном бытовании в одной местности, либо о позднем закреплении. В дореволюционных источниках фамилия почти не фиксируется — это косвенно подтверждает версию о её польском корне: носители могли переселиться в центральную Россию из западных губерний.

Таким образом, наиболее правдоподобное объяснение: предок носителя фамилии Марготнова получил прозвище Марготный за грустный или задумчивый нрав, а сама фамилия оформилась по стандартной русской модели. Версия о немецких корнях остаётся спорной и слабо подкреплённой.