Фамилия Марготнов — редкая и неочевидная. Её основа не лежит на поверхности, и сразу ясно одно: суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель («чей?» — сын Марготна). Но откуда взялось само имя или прозвище Марготн?

Самая вероятная версия — фонетическая или орфографическая переделка еврейской фамилии Марголин (или Марголис). В основе этих фамилий лежит древнееврейское слово «маргалит» — жемчуг. В среде еврейского населения Российской империи фамилии на -ин при переходе в русскую среду иногда меняли суффикс на -ов, особенно при записи в документах чиновниками, которые «исправляли» окончание на привычный русский лад. Так Марголин мог превратиться в Марготнов: произошла замена суффикса и, возможно, оглушение согласного («г» вместо «к» или наоборот) под влиянием простонародного произношения.

Вторая гипотеза, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с прозвищем Маргот. В некоторых русских говорах «маргот» или «марготка» означало нечто незначительное, мелочь (сравните с диалектным «маргосить» — делать что-то мелкое, копошиться). В этом случае прозвище мог получить человек невысокого роста, суетливый или занимавшийся мелкой работой. От прозвища Маргот образовали форму Марготн (притяжательную или просторечную), а от неё — фамилию Марготнов.

Если отталкиваться от географии, то фамилия Марготнов встречается крайне редко, в основном в центральной России и Поволжье. Это косвенно подтверждает версию о вторичном, «обрусевшем» происхождении: носители могли быть потомками выходцев из еврейских местечек, которые ассимилировались и получили фамилию в новой, адаптированной форме.

Однозначного ответа, какая из версий верна, без генеалогического исследования конкретной семьи не дать. Но словообразовательная модель (суффикс -ов от основы на согласный) и редкость фамилии говорят о том, что перед нами, скорее всего, не древняя крестьянская фамилия, а относительно поздняя, возникшая в XIX — начале XX века в результате канцелярской или бытовой трансформации исходного имени или прозвища.