Фамилия Маргинов — редкая и неоднозначная по происхождению. Её основа, суффикс и география бытования заставляют рассматривать как минимум две версии, и обе имеют право на существование.

Самый очевидный путь — разбор через суффикс -ов. Это типичная русская патронимическая модель: «чей?» — Маргинов, то есть сын Маргина. Но вот с именем или прозвищем Маргин сложнее. В русском ономастиконе такого имени нет. Ближайшая параллель — фамилия Маргин, которая встречается в северных и сибирских регионах. В таком случае Маргинов — это вариант, образованный от той же основы, но с другим суффиксальным оформлением, что нередко бывает при переселении семей или при переписи.

Вторая, более правдоподобная версия — тюркское или кавказское происхождение. Основа «марг» во многих тюркских языках означает «луг», «пастбище» или «цветущий луг». В персидском и азербайджанском «марг» — «смерть», но это значение вряд ли легло в основу фамилии. Скорее, прозвище Маргин могли дать человеку, жившему у луга, или же это была адаптация тюркского имени Маргин (например, у кумыков или ногайцев). В таком случае Маргинов — это русифицированная форма, возникшая при крещении или при записи в метрические книги, когда к основе добавили типичный русский суффикс.

Географически фамилия Маргинов встречается спорадически, в основном на юге России — в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Закавказье (Армения, Азербайджан). Это косвенно подтверждает тюркскую или кавказскую версию. В центральных русских областях она практически не фиксируется.

С точки зрения словообразования, если отбросить суффикс, остаётся корень марг-, который не имеет славянской этимологии. Это и есть главный аргумент в пользу того, что предки носителя фамилии, скорее всего, были не из великорусских земель, а из тюркоязычной или иранской среды, со временем ассимилировавшись в русскую культуру. Социальный статус мог быть разным — от казаков до крестьян, но точных данных по сословной принадлежности Маргиновых нет.