Фамилия Маргина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основного варианта. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а/-я, но здесь перед нами не типичное отчество от мужского имени Марга (как Марга — уменьшительное от Маргарита), а скорее всего, прозвищное происхождение. Разберёмся по порядку.

В основе фамилии лежит слово «марга» — в диалектах русского языка так называли грань, край, межу. В некоторых говорах «маргой» обозначали и полосу земли, клин пашни. Соответственно, прозвище Марга могли дать человеку, жившему на краю села, у межи, или тому, кто владел узкой полоской земли. В этом случае фамилия Маргина — притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?»: дочь или жена Марги (носителя прозвища Марга). Суффикс -ин указывает на принадлежность, что типично для русских фамилий XVI–XVII веков.

Есть и вторая, менее вероятная версия — от имени Марга как краткой формы крестильного имени Маргарита (в переводе с греческого «жемчужина»). Однако в русской ономастике фамилии от женских имён встречаются реже и обычно фиксируются в тех случаях, когда мужчина носил «женское» прозвище по матери (например, Марга — мать). Но здесь логичнее исходить из прозвища, связанного с землёй: географическая привязка и социальный контекст — крестьянская среда, где межа и граница участка были важны в быту.

Фамилия Маргина не относится к числу распространённых. Встречается в центральных регионах России, а также на юге — в Ростовской области и Краснодарском крае, куда она могла попасть с переселенцами. Встречается и в Беларуси, но там возможна иная этимология — от польского marga (мелкий сор, отходы) или от названия растения маргаритка, что маловероятно для русской фамильной модели.

Таким образом, предки носителей фамилии Маргина — скорее всего, крестьяне или однодворцы, получившие прозвище по месту жительства у края поля или по владению узкой полосой земли. Фамилия сохранила память о земельных отношениях и диалектном слове, которое почти вышло из употребления.