Фамилия Маргиных образована по модели, характерной для северных и сибирских говоров: суффикс -их- (в родительном падеже множественного числа — -их) указывает на принадлежность к целому роду, дому. Вопрос «Чьи вы будете?» в таких семьях предполагал ответ «Маргиных», то есть из дома, где главой был человек по прозвищу или имени Марга. Сама основа фамилии — Марга — наиболее вероятно, восходит к диалектному слову «марга», которое в ряде русских говоров означало «болотистое место, топь, мочажина». В этом случае фамилия топонимическая: предок мог жить у болота или на сырой низине, и односельчане прозвали его Маргой. Менее распространённая версия связывает основу с личным именем Марк, которое в просторечии могло редуцироваться до Марги (сравните: Марка — Марга, как Евдокия — Авдотья). Однако в пользу первой гипотезы говорит то, что фамилии на -их/-ых чаще всего образовывались именно от прозвищ, а не от крестильных имён. Географически фамилия Маргиных тяготеет к северо-востоку Европейской России: её фиксируют в старых переписях Вологодской, Архангельской и Вятской губерний. Встречается и вариант Маргин — без суффикса -ых, но в северном произношении различие между формами могло стираться. Таким образом, предки носителей фамилии Маргиных — скорее всего, крестьяне или посадские люди из влажных лесных краёв, получившие родовое прозвище по характерному месту жительства.