Фамилия Маргинова — женская форма мужской фамилии Маргинов. Она образована с помощью самого распространённого русского суффикса -ов, который указывает на принадлежность: Маргинов — буквально «сын Маргина» или «человек из рода Маргина». В центре фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Маргин. Чтобы понять его происхождение, нужно заглянуть в историю русских говоров и диалектов.

Самая вероятная версия связывает основу Маргин со словом «марга» или «маргос». В южнорусских и украинских говорах «марга» — это корова, а «маргос» — прозвище быка. Человек мог получить прозвище Маргин за сходство с животным (например, за упрямство или крупное телосложение) или же это было мирское имя, данное в охранительных целях — чтобы злые силы не позарились на ребёнка, назвав его «коровьим» именем. Подобная практика была широко распространена: имена Жук, Козёл, Баран встречаются в старых документах постоянно.

Есть и вторая, менее очевидная версия — от личного имени Марк через уменьшительную форму Маргин (Марк → Маргин). В этом случае фамилия Маргинов означала бы «потомок Марка». Однако такая словообразовательная цепочка (Марк — Маргин) не является типичной для русского языка, где от Марка образуют обычно Маркин или Марков. Поэтому версия с животным прозвищем выглядит более правдоподобной.

Фамилия довольно редкая. Географически она тяготеет к югу России, к областям, где были сильны украинские диалектные влияния — Ростовская, Воронежская области, Краснодарский край. Встречается и среди донских казаков, у которых прозвища по животным были обычным делом. В дореволюционных источниках Маргиновы фиксируются в основном как крестьяне и мещане, без привязки к дворянским родам.

В написании фамилии возможна путаница с похожей фамилией Марганов (от имени Марган или от слова «марган» — марганец), но Маргинова — это именно форма с мягким «г» и ударением на первый слог.