Фамилия Маргоев — одна из тех, чья форма сразу подсказывает направление поиска. Суффикс -ев указывает на притяжательное значение: Маргоев буквально значит «чей?» — сын или потомок Марго. Сама основа Марго — это, скорее всего, усечённая или разговорная форма личного имени Марк или Маркел. В русской традиции имена нередко сокращали в быту: Марк превращался в Марго, Маркел — в Маргошу, а оттуда до Марго — один шаг. Такая модель характерна для фамилий, образованных от канонических христианских имён через народные варианты.

География фамилии Маргоев подсказывает, что её корни — не в центральной России, а на Кавказе, особенно в Осетии. В осетинской среде фамилии на -ев распространены очень широко, и Маргоев — типичный пример осетинизации русского или греческого имени. Осетины, принимая православие, нередко брали имена из святцев, а затем оформляли фамилию по местной модели: к основе добавляли русский суффикс -ев, который в осетинском языке стал стандартным патронимическим показателем. Таким образом, Маргоев может быть потомком осетина по имени Марго (из Марка) или выходцем из семей, где это имя передавалось как родовое прозвище.

Версия с нехристианским корнем менее вероятна, но её стоит упомянуть. В тюркских языках есть слово «марга» — «луг, пастбище», а «марго» могло бы быть диалектным вариантом. Однако суффикс -ев в таком случае был бы нехарактерен для тюркских фамилий (там типичнее -ов или -лы). Поэтому связь с именем остаётся главной гипотезой, и её поддерживает и осетинский ареал, где имя Марк через греческое посредничество было известно с раннего Средневековья.

Сословный состав носителей фамилии неоднороден. В дореволюционных записях Маргоевы встречаются и среди крестьян, и среди казаков Терского войска. Судя по тому, что фамилия не имеет дворянского суффикса -ский и не фиксируется в родословных книгах, предки были людьми простого звания — земледельцами или воинами-горцами. Сегодня фамилия остаётся преимущественно осетинской, хотя отдельные ветви разошлись по всей России.