Скорее всего, фамилия Марголина образована от еврейского женского имени Маргалит (в ашкеназском произношении — Маргулис), которое в буквальном переводе с иврита она имеет значение «жемчуг, жемчужина». Основой же для этой фамилии послужила русская уменьшительная форма этого имени — Марголя.