Фамилия Марголис — одна из тех, что не оставляют сомнений в своём происхождении. Она еврейская, ашкеназская, и образована от слова, которое в иврите звучит как «маргалит» — жемчуг. В идише, на котором говорили евреи Восточной Европы, это слово превратилось в «марголис» или «марголин». Так что буквальное значение фамилии — «жемчужный», «жемчужина». Вряд ли предок носителя этой фамилии был ювелиром или торговцем жемчугом: в еврейской ономастике такие «драгоценные» фамилии часто давали как красивые, благозвучные прозвища, иногда — как искусственное украшение при переходе к фамилиям в империях Габсбургов и Романовых.

Модель образования проста: основа «маргол(ис)» без дополнительного славянского суффинкса. Это характерно для фамилий, которые в Российской империи фиксировали в документах именно в той форме, в какой их носили сами евреи. Суффикс «-ис» — типичный для идиша показатель принадлежности или уменьшительности, но здесь он уже стал частью корня. В отличие от фамилий на «-ович» или «-ский», Марголис не указывает на отчество или место жительства — это чисто прозвищная фамилия, восходящая к личному качеству или метафоре.

Географически фамилия Марголис наиболее плотно распространена в черте оседлости — на территориях современных Украины, Беларуси, Польши и Литвы. В XIX веке её часто записывали в документах как «Марголин» или «Марголинс» — это варианты, возникшие из-за разницы в произношении между идишем и канцелярским русским. Например, в Волынской губернии и Подолье встречалась форма «Марголис», а в Могилёвской — «Марголин». Эти варианты не следует путать с разными фамилиями: это одна и та же основа, адаптированная под местные диалекты.

Одна из редких деталей, которую редко упоминают: в некоторых записях метрических книг XIX века фамилию писали через «ц» — «Марголиц». Это не ошибка, а отражение ашкеназского произношения, где конечное «с» в идише иногда озвончалось в «ц». Такие написания встречаются в документах Киевской и Подольской губерний, но в советское время их унифицировали под более привычный вариант.

Сословно Марголисы не были однородны. Среди носителей фамилии встречались как бедные ремесленники и торговцы, так и раввины, учёные и врачи. Например, в Одессе конца XIX века жили несколько семей Марголис, занимавшихся мелкой торговлей мануфактурой, а в Вильно — потомственные раввины. Никакого единого «предка-ремесленника» тут нет: фамилия популярная, и её носили разные люди в разных городах. Единственное, что их объединяет, — еврейское происхождение и связь с ашкеназской культурой Восточной Европы.