Маргулис – фамилия еврейского происхождения. Она образована от еврейского женского имени Маргалит (в ашкеназском произношении - Маргулис), которое в буквальном переводе с иврита она имеет значение «жемчуг, жемчужина». Интенсивное внедрение фамилий в XV-XVII вв. В результате, потомок женщины, обладающей именем Маргалит, со временем получил фамилию Маргулис.