Фамилия Маргулиус — редкий пример фамилии, которая не вписалась в привычные русские модели на -ов, -ин или -ский. Её латинизированное окончание -ус сразу выдаёт книжное, искусственное происхождение: такую форму обычно получали фамилии при переходе из идиша или немецкого языка в официальные документы Российской империи, особенно в среде еврейского населения.

Основа фамилии восходит к слову «маргулис» или «марголис», что на идише и в иврите связано с «маргалит» — жемчуг. Это не ремесло и не прозвище по внешности, а типичный для ашкеназских евреев «украшательный» тип фамилии: красивое, благозвучное слово, которое давали без прямой связи с профессией предка. Встречаются варианты Маргулис, Марголис, Маргулян; форма Маргулиус — результат латинизации, которую иногда применяли при записи в метрических книгах или при выезде за границу, чтобы фамилия звучала «по-учёному».

Словообразовательная модель здесь простая: корень «маргул-» + латинский суффикс -иус, который в славянских фамилиях почти не встречается. Это не суффикс принадлежности (как -ов) и не указание на место (как -ский), а скорее дань моде XVIII–XIX веков, когда еврейские фамилии нередко оформляли в духе немецкой или латинской бюрократии. В Российской империи такие окончания встречались у кантонистов, выпускников раввинских училищ или просто у семей, желавших придать фамилии «европейский» вид.

Географически фамилия Маргулиус тяготеет к западным губерниям — Волынской, Подольской, Киевской, а также к Прибалтике, где была сильна немецкая административная традиция. В современной России она крайне редка; чаще встречается в Израиле, США и Германии среди потомков эмигрантов. Сословной привязки нет: предки могли быть и мещанами, и купцами, и раввинами — фамилия не указывает на занятие, а лишь на способ её оформления.

Если сравнивать с однокоренными, то Маргулиус отличается от Маргулис именно окончанием. В бытовой речи форма на -ус звучала официальнее, поэтому её могли использовать в паспортах и свидетельствах, тогда как в семье сохраняли короткий вариант. Это не ошибка писаря, а осознанный выбор, который сегодня помогает отличить ветви одного рода: носители Маргулиус, скорее всего, происходят из семей, где кто-то прошёл через формальную латинизацию фамилии в XIX веке.