Фамилия Маргулиэс — редкий для России случай, когда фамилия сохранила не просто иноязычную основу, но и чуждое славянской грамматике окончание. В русском языке фамилии на -ес, -ас, -ис почти всегда указывают на позднее проникновение в среду носителей, чаще всего из еврейской среды ашкенази, но с явным отпечатком не немецкого, а романского или греческого влияния.

Корень фамилии восходит к библейскому имени Маргулиот или Марголит, которое в арамейском языке означало «жемчуг». В средневековой еврейской традиции это слово стало женским именем, а позже — прозвищем для ювелиров, торговцев драгоценностями или просто людей с дорогой внешностью. Фамилии, образованные от «жемчуга», встречаются у многих народов, но именно форма Маргулиэс выдает путь через идиш, где суффикс -ес мог указывать на принадлежность к роду или месту. В польском и украинском контексте эта фамилия нередко записывалась как Маргулес или Маргулис, но вариант с «иэ» — более архаичный, он закрепился в документах Российской империи при записи фамилий через писаря, который слышал идишское произношение с дифтонгом и передавал его по-своему.

В отличие от многих фамилий, которые можно привязать к конкретному ремеслу или месту, Маргулиэс — это фамилия-метафора. Она не говорит о профессии предка напрямую (хотя ювелирное дело вероятно), а скорее о прозвище, данном за красоту, редкость или ценность. В ономастических словарях её часто объединяют с фамилией Марголин, но разница в суффиксе значительна: -ин — типично русский патронимический суффикс, который «присвоил» иноязычную основу, а -эс остался чужеродным элементом, указывающим на то, что семья долго сохраняла языковую обособленность.

Географически фамилия Маргулиэс встречается в основном в записях конца XIX — начала XX века по черте оседлости: Волынская, Подольская, Киевская губернии. После революции носители фамилии рассеялись по крупным городам — Одессе, Киеву, Москве, а затем эмигрировали. В современной России фамилия крайне редка, и её носители почти всегда — потомки тех, кто не сменил фамилию при советской паспортизации, когда многие «неблагозвучные» окончания русифицировали. Социальный статус предков, судя по косвенным данным, был преимущественно мещанским или купеческим, но не крестьянским: фамилии такого типа редко встречаются среди сельского населения, так как фиксировались в городах и местечках.

Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия Маргулиэс — не ошибка писаря и не искажение, а сознательное сохранение исходной формы, которая в идише звучала как «Маргулиэс» с ударением на второй слог. Это редкий случай, когда фамилия не русифицировалась, а осталась маркером культурного происхождения.