Фамилия Маркулис — редкий для России пример фамилии, образованной по балтийской или еврейской модели. Её основа — мужское имя Марк, которое в латинском языке (Marcus) означало «молот» и было распространённым римским личным именем. В христианской традиции имя закрепилось благодаря евангелисту Марку, что обеспечило ему популярность у многих народов.

В фамилии Маркулис интересен именно суффикс. Окончание -ис (или -ус) типично для фамилий балтийского происхождения (литовских и латышских): например, Маркулис, Абрамулис, Янкулис. В литовской модели суффикс -ulis образует уменьшительные или патронимические формы, то есть Маркулис — это буквально «маленький Марк» или «сын Марка». Однако фамилия встречается и у еврейских носителей, особенно среди ашкеназов Восточной Европы. В этом случае она могла возникнуть как вариант фамилии Маркус (Markus) с добавлением славянского или балтийского окончания, которое придало ей местный колорит.

География фамилии подтверждает эту двойственность. Маркулис — нечастая фамилия в России, но её носители встречаются в Литве, Беларуси, на западе Украины и в еврейских общинах Прибалтики. В Российской империи такие фамилии часто фиксировали у мещан и купцов, реже — у крестьян. Сословная принадлежность предков была разной: в Литве это могли быть зажиточные крестьяне или ремесленники, в еврейской среде — торговцы или владельцы небольших мастерских.

По написанию фамилия устойчива: ударение падает на первый слог (Ма́ркулис), что отличает её от более распространённых русских фамилий на -ов/-ев. Встречаются варианты Маркулис и Маркулис, но доминирует форма с твёрдым «с» на конце. Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Марков, Маркин, Маркс), то Маркулис — самая редкая и самая «западная» по звучанию, что прямо указывает на её происхождение из регионов, где пересекались балтийская и еврейская ономастические традиции.