Фамилия Маркулин образована от имени или прозвища в основе — скорее всего, от крестильного имени Марк. Это имя восходит к латинскому Marcus, предположительно связанному с Марсом, богом войны, или же означающему «молоток». В русской традиции имя Марк давали в честь апостола и евангелиста, поэтому оно было распространено среди духовенства и простых людей, хоть и не так широко, как Иван или Пётр.

Суффикс -ин указывает на притяжательное значение: Маркулин — «сын Маркулы» или «потомок Маркулы». Перед нами нестандартная форма имени Марк. Уменьшительно-ласкательный вариант Маркуля, Маркула в народной речи давал основу для фамилии. Подобные образования с суффиксом -ул(я) характерны для южнорусских и украинских говоров: Маркуля, а отсюда и Маркулин. То есть исходное прозвище или домашнее имя Маркуля могло означать «маленький Марк» или «Марк, которого ласково зовут».

Интересно, что фамилия Маркулин встречается реже, чем Марков или Маркин. Это говорит о её локальном происхождении — возможно, она закрепилась в конкретной местности, где форма Маркуля была привычной. Если обратиться к историческим документам, в XVI–XVII веках в писцовых книгах встречаются крестьяне и посадские люди с именем Маркула, например, в Новгородской земле. Таким образом, предки носителей фамилии могли быть крестьянами или ремесленниками, получившими фамилию по отцу, которого в быту звали Маркулой.

Альтернативная версия, менее вероятная, связывает фамилию с тюркским или финно-угорским корнем, но для этого нет убедительных лингвистических оснований. Фонетически Маркулин ложится в славянскую словообразовательную модель, и искать иное происхождение стоит только при доказанной миграции рода из иноязычной среды. В большинстве случаев фамилия Маркулин — это типичный пример русской фамилии, возникшей из народной формы церковного имени.