Фамилия Маркулев — редкий случай, когда суффикс -ев присоединился к основе, которая сама по себе уже была отчеством. В ней спрессована целая цепочка превращений, и разобрать её по косточкам интереснее, чем просто сказать «от имени Марк».

Основа — Маркул. Это не самостоятельное имя, а уменьшительная форма от канонического имени Марк. В русской народной традиции имена часто укорачивали и добавляли суффикс -ул(а): Марк — Маркул, как Пётр — Петрул, Иван — Иванчул. Так что Маркул — это просто «маленький Марк» или «Марк в бытовом, ласковом звучании». Затем от этого прозвища или нецерковного имени образовали отчество: «чей сын?» — Маркулев. То есть Маркулев буквально означает «сын Маркула», а Маркул — «сын (или потомок) Марка».

Суффикс -ев (а не -ов) указывает на то, что основа заканчивалась на мягкий согласный (л). Это стандартная модель для русских фамилий, но в паре с редкой основой она даёт ощущение нешаблонности. Фамилия явно не из боярского или дворянского круга — такие формы образовывались в крестьянской, посадской или духовной среде, где имя Марк было распространено, но не так часто, как Иван или Пётр.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где лучше сохранились старые формы народных имён. Встречается она редко, и это её главная особенность: Маркулев не «потерялся» в массе Ивановых и Петровых. Если вы носите эту фамилию, то с высокой вероятностью ваш предок в XVII–XVIII веках был записан в каком-нибудь погосте или селе как «Маркулко» или «Маркула» — и только потом, при закреплении фамилий, его дети стали Маркулевыми.

В словарях (например, у Б. Унбегауна) подобные формы разбираются в разделе фамилий от уменьшительных имён. Споров по этимологии нет: версия с именем Марк — единственная и убедительная. Никаких экзотических тюркских или финно-угорских корней здесь не просматривается, и притягивать их не стоит.