Фамилия Маркулес — редкий случай, когда искомая основа не славянская, а, скорее всего, западно-европейская, точнее — румынская или молдавская. В русском и украинском ономастиконе фамилии на -ес обычно не встречаются, тогда как в молдавском это распространённый суффикс. Вероятнее всего, Маркулес — это румынская фамилия, образованная от имени Марку (румынская форма латинского Marcus) с помощью суффикса -еску/-ес, который указывает на принадлежность к роду: «сын Марку» или «из семьи Марку». В молдавском языке этот суффикс даёт форму Маркулеску, но в русской передаче конечное -ску могло редуцироваться до -с, или же фамилия была записана в более кратком варианте Маркулес.

Вторая версия, менее вероятная для этой формы, — греческое происхождение. В греческом языке есть фамилии с окончанием -ес (например, Папагеоргиу, но это не то же самое), однако для греческой модели типичнее окончания -идис, -пулос. Связь с греческим именем Маркос возможна, но суффикс -ес в греческом не является патронимическим в той же степени, что в румынском.

Что касается значения основы: латинское Marcus восходит к имени бога войны Марса и означало «посвящённый Марсу» или просто «воинственный». В христианской традиции это имя апостола Марка, поэтому оно было популярно у многих народов. Таким образом, предок носителя фамилии Маркулес был, скорее всего, Марку (или Марко), а сама фамилия закрепилась в среде молдавских крестьян или мещан, где патронимы на -еску были нормой. В России эта фамилия встречается крайне редко, в основном у потомков переселенцев из Бессарабии, и её написание без суффикса -ску — это либо результат упрощения при записи в паспорт, либо местный диалектный вариант.