Фамилия Маркуев образована от имени Марк через закономерную для русской ономастики модель с суффиксом -уj- (в написании -уй- или -у-). В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, где притяжательный суффикс присоединялся прямо к основе (Марков), суффикс -уj- вносил дополнительный оттенок принадлежности: «Маркуев» буквально значило «сын Марка», но с более конкретным указанием на потомка, а не просто на человека из рода Марка. Такая модель встречается реже и характерна для северных и восточных регионов России, особенно для бывших новгородских земель и Вятки, где прозвищные и патронимические формы с -уй- (Маркуй, Васькуй, Иванкуй) фиксировались в документах XVI–XVII веков.

Само имя Марк — латинского происхождения, предположительно от слова «marcus» (молот) или связанное с именем бога Марса. В христианской традиции это имя одного из четырех евангелистов, что обеспечило его распространение среди духовенства и посадских людей. Однако в крестьянской среде имя Марк встречалось заметно реже, чем Иван или Василий, поэтому фамилия Маркуев — не самая частая. Её носители, скорее всего, происходили из семей, где отца звали Марком, а в быту его могли называть уменьшительно-пренебрежительной формой Маркуй — отсюда и пошло «Маркуев сын».

В говорах слово «маркуй» могло также означать нерасторопного или задумчивого человека, но это скорее народная этимология: в основе фамилии лежит церковное имя, а не нарицательное прозвище. Сравните с фамилиями Марков, Маркин, Маркелов — все они от одного корня, но разные суффиксы указывают на разные диалектные и социальные традиции: Марков — общераспространенная форма, Маркин — от уменьшительного Марка, а Маркуев — более редкая и локальная.

Если искать региональные корни, то фамилия Маркуев встречается в переписях Вологодской и Архангельской губерний, а также среди сибирских старожилов. В XIX веке носители этой фамилии были преимущественно государственными крестьянами и мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её простонародное происхождение.