Фамилия Маркуна — редкий для русской ономастики случай, когда фамилия заканчивается на -а, но при этом не является типично славянской по модели. В русском языке фамилии с таким окончанием обычно имеют украинское, белорусское или польское происхождение, но здесь, скорее всего, мы имеем дело с адаптированной формой от личного имени или прозвища.

Наиболее вероятная версия — происхождение от уменьшительной формы имени Марк. В греческом и латинском «Марк» (Marcus) означало «молоток», но в народной среде имя часто переделывали: Маркуня, Маркуха, Маркуша. В украинском языке суффикс -уна мог прикрепиться к основе Марк-, образуя Маркуна. Такая модель характерна для западноукраинских и польских территорий: например, фамилии Мазуна, Грицуна. То есть предок носителя фамилии мог быть сыном или человеком, относящимся к Марку (Маркуне), а сама фамилия закрепилась в форме, близкой к прозвищу.

Есть и альтернативная, но менее распространённая гипотеза: связь с литовским словом «markūnas» — так называли человека, который ставил метки, клеймил скот или имущество. В пограничных с Литвой районах Беларуси и Польши фамилии с корнем «марк-» и окончанием -уна встречаются среди шляхты и мещан. Однако прямых документальных подтверждений этой версии для фамилии Маркуна нет, и она остаётся предположением.

Географически фамилия Маркуна встречается в основном на западе Украины (Львовская, Тернопольская области), а также среди потомков эмигрантов в США и Канаде. В России она крайне редка, что подтверждает её региональный характер. Сословная принадлежность носителей, судя по разрозненным записям, была разной: от крестьян до мелкой шляхты, но единой картины не сложить из-за малочисленности фамилии.

Интересная деталь: в отличие от распространённых фамилий на -ов/-ин, Маркуна не склоняется по падежам как типичная славянская фамилия — она остаётся неизменной в женском и мужском варианте. Это дополнительно указывает на её происхождение из западнославянского или балтийского ареала, где такие формы были нормой.