Фамилия Маркун — хороший пример того, как одна и та же основа может дать совершенно разные фамилии в зависимости от того, какой суффикс к ней приставили. Здесь работает редкий для русской традиции, но обычный для украинской и белорусской модели суффикс -ун. Он образует названия людей по их характерному действию или свойству: бегун, говорун, крикун. Маркун — это «тот, кто марает», то есть пачкун, грязнуля. Прозвище могли дать неопрятному человеку или ребенку, который вечно ходил в грязи.

Однако у фамилии есть и вторая, более вероятная версия происхождения, которая связана не с глаголом «марать», а с именем. В основе может лежать краткая форма крестильного имени Марк (Марко) — Марко, Маркуша, Маркун. В таком случае суффикс -ун выступает как уменьшительно-ласкательный или просторечный, как в именах Петрун, Иванюн. Тогда Маркун — это «маленький Марк» или «сын Марка». Эта версия выглядит убедительнее: прозвища по имени встречаются гораздо чаще, чем прозвища по отрицательному качеству, и именно они легли в основу большинства восточнославянских фамилий.

Суффикс -ун в фамилиях типичен для западных и южных регионов: Украины, Беларуси, юга России. Встречается он и у поляков. Поэтому носители фамилии Маркун, скорее всего, происходят из этих земель. В русском языке аналогичная фамилия звучала бы как Марков — с суффиксом принадлежности -ов. Маркун же сохранила более архаичную, «прозвищную» форму, которая со временем застыла и стала наследственной.

В написании фамилии нет сложностей: она пишется так, как слышится, и не меняется при склонении у женщин. Встречаются однокоренные фамилии Маркушенко, Маркушин, Маркушевский — все они восходят к тому же имени Марк или прозвищу Маркуша.