Фамилия Маркунас — характерный пример литовской модели образования фамилий, где суффикс «-ас» (или его варианты) указывает на принадлежность к мужскому роду в именительном падеже. В основе лежит уменьшительно-ласкательная форма Маркуня, которая, в свою очередь, восходит к каноническому имени Марк. Это имя имеет латинское происхождение: по одной версии, оно означает «слабый, вялый», по другой — «родившийся в марте». В литовской традиции имя Марк адаптировалось, и от его производных через суффикс «-ун-» (Маркуня) и последующее оформление фамильным окончанием «-ас» и возникла фамилия Маркунас.

Смысловой перенос здесь двойной: сначала от полного имени к домашнему прозвищу, а затем закрепление этого прозвища в качестве родового имени. В отличие от русских фамилий на «-ов» или «-ин», литовские фамилии на «-ас» не указывают напрямую на отчество («чей сын»), а скорее фиксируют самого носителя прозвища. Поэтому предок с фамилией Маркунас, вероятнее всего, был известен в своей общине именно как Маркуня — либо по имени, либо по какой-то черте, связанной с ним.

Исторический контекст имени Марк добавляет фамилии глубины. Согласно церковному преданию, апостол Марк был спутником апостолов Петра и Павла в Риме, затем переселился в Александрию, основал там церковь и стал её первым епископом. Он принял мученическую кончину 25 апреля 68 года нашей эры. Это делает имя Марк не просто популярным, но и связанным с раннехристианской историей, что могло повлиять на его распространение среди литовцев-католиков. Географически фамилия Маркунас сосредоточена в Литве и среди литовской диаспоры, что сразу отличает её от русских однокоренных вариантов вроде Марков или Маркушин.

В написании фамилии нет спорных моментов: она чётко указывает на литовское происхождение. Сравнение с однокоренными фамилиями (Маркус, Маркявичюс) показывает, что Маркунас — более простая, «народная» форма, без дополнительных патронимических суффиксов, что говорит о её возможном возникновении в крестьянской или мещанской среде, где прозвища закреплялись напрямую.