Фамилия Маркунин — одна из тех русских фамилий, чью историю можно проследить до конкретного имени, причем не напрямую, а через уменьшительно-ласкательную форму. В основе лежит каноническое мужское имя Марк, а точнее — его просторечный вариант Маркуня. Так на Руси ласково называли мальчиков и мужчин, носивших это имя, и именно от этой домашней, обиходной формы и пошла фамилия.

Имя Марк имеет римские корни. Оно восходит к латинскому родовому имени Marcus, которое, по одной версии, означает «слабый» или «вялый», а по другой — указывает на того, кто родился в марте. В христианской традиции это имя связано с апостолом Марком, спутником Петра и Павла, который основал церковь в Александрии и принял мученическую смерть в 68 году нашей эры. Благодаря авторитету этого святого имя Марк прочно вошло в церковный обиход, а с ним — и в русскую именную традицию.

Модель образования фамилии проста и типична для русского Севера и центральных областей: суффикс -ин присоединялся к основе, оканчивающейся на -а или -я. Маркуня → Маркунин означает «чей?» — «сын Маркуни», «потомок Маркуни». Такой способ словообразования встречается у фамилий, образованных от прозвищ и уменьшительных имен, и в этом смысле Маркунины стоят в одном ряду с Ваниными, Петюниными или Костиными.

Точное место и время возникновения фамилии назвать сложно — процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XV по XVII век, и в разных регионах шел с разной скоростью. Однако суффикс -ин, а не -ов, часто указывает на более раннюю или более народную, не книжную традицию именования. Скорее всего, первые Маркунины появились в среде крестьян или посадских людей, где уменьшительные имена были в ходу повседневно, а фамилии закреплялись стихийно.

Стоит обратить внимание, что фамилия Маркунин — не единственная в этом гнезде. От того же корня образованы Марков, Маркин, Маркушкин, Маркелов, и каждая из них несет свой оттенок: если Марков — прямая отсылка к полному имени, то Маркунин сохраняет тепло семейного, домашнего прозвища.