Фамилия Маркунин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Маркунин послужило церковное имя Марк. Фамилия Маркунин восходит к каноническому мужскому имени Марк. В его основе лежит его уменьшительно- ласкательная форма Маркуня. Римское родовое имя Марк в переводе с латинского означает либо «слабый, вялый», либо «родившийся в марте». Как с апостолом Петром, так и с апостолом Павлом Марк бывал в Риме, а позже переселился в Александрию, где основал церковь, и был её первым епископом и потерпел мученическую кончину 25 апреля 68 года нашей эры. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Маркуня, со временем получил фамилию Маркунин. О точном месте и времени возникновения фамилии Маркунин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Маркунин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.