Фамилия Макунин в своей основе имеет имя Макуня. Это не официальное, а обиходное, разговорное сокращение от нескольких крестильных имён. Чаще всего так в быту называли человека, носившего имя Мокей (в переводе с греческого — «насмешник»). Однако Макуней могли звать и Максима («величайший»), и Макара («блаженный, счастливый»). Такая многозначность характерна для народных форм: одно и то же уменьшительное имя нередко заменяло несколько полных церковных имён.

Модель образования проста: к основе Макун- добавился типичный русский суффикс принадлежности -ин. Фамилии на -ин обычно означали «чей?» — сын Макуни, потомок Макуни. Такая словообразовательная модель распространена в северных и центральных областях России.

Менее вероятна, но всё же возможна версия, связывающая фамилию не с именем, а с прозвищем. Макуня могло произойти от слова «макушка» — верхушка, вершина. В этом случае прозвище давали высокому человеку, которого было видно «по макушку». Однако в ономастике более надёжным считается объяснение через личное имя, поскольку прозвищная версия не имеет устойчивых параллелей в старых документах.

Фамилия Макунин — редкая. Она не встречается среди дворянских родов и, скорее всего, принадлежала крестьянскому или мещанскому сословию. Географически её можно встретить в Поволжье и некоторых областях центральной России, но массового распространения она не получила.