Основой фамилии Макунин послужило церковное имя Мокей. Фамилия Макунин образована от имени Макуня, просторечной формы христианских мужских имен Мокей (в переводе с греческого – «насмешник»), Максим (в переводе с латинского – «величайший»), Макар (в переводе с греческого – «блаженный, счастливый»). Менее вероятно, что фамилия Макунин происходит от прозвища Макуня, которое восходит к нарицательному «макушка». В таком случае, так могли называть высокого человека. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Макуня, со временем получил фамилию Макунин.