Фамилия Макунова — женская форма, а её основа мужская — Макунов. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или имени с помощью суффикса -ов. Вопрос в том, что лежит в основе — мирское имя, ремесло или особенность человека.

Скорее всего, корень «макун» связан со словом «мак». В русских говорах «макуном» называли того, кто сеял мак, торговал им или пёк маковые изделия. Но есть и другая версия, более личная: «макун» могло быть прозвищем человека с кудрявыми, «макушками» волосами или того, кто любил «макать» — есть вприкуску, обмакивая еду. В ономастике такие прозвища по действию или привычке не редкость.

Менее вероятно, но возможно, что фамилия восходит к календарному имени Макарий (в народной форме Макар). От него обычно образовывали Макаров, но в некоторых диалектах с усечением основы могло появиться Макун — как сокращение от Макуня, ласкового обращения к Макару. Однако суффикс -ун в русских фамилиях чаще указывает на деятеля, а не на уменьшительное имя, поэтому версия с прозвищем или занятием выглядит убедительнее.

Географически фамилия Макунов встречается в основном в центральных и южных регионах России, где мак был распространённой культурой. Встречается она и у старообрядцев, что может указывать на древность прозвища, закрепившегося до раскола. Однокоренные фамилии — Макушин, Макухин, Макаров — различаются суффиксами, но все они так или иначе крутятся вокруг «мака» или «макушки».

Если ваши предки носили эту фамилию, вероятнее всего, они были крестьянами или мелкими торговцами, а прозвище дали либо по делу, либо по внешности. Точного ответа, увы, нет: ономастика редко даёт единственную версию, когда в основе лежит бытовое слово.