Фамилия Макунева — женская форма, а в основе лежит мужская Макунев. Её ядро — имя или прозвище Макун, которое, скорее всего, образовано от глагола «макать» или «макнуть». В русских говорах «макун» — это тот, кто макает что-то во что-то, например, хлеб в соль или молоко. Но у слова есть и более конкретное ремесленное значение: так называли мастера, который изготовлял макушки — верхние части шапок или головных уборов. В некоторых диалектах «макун» означал и просто «верхушка», «макушка», так что прозвище могло достаться человеку высокого роста или с заметной, «острой» головой.

Модель образования простая: прозвище Макун плюс типичный русский патронимический суффикс -ев (вместо -ов, если основа оканчивается на мягкий согласный или шипящий). Фамилия Макунев, а следовательно, и Макунева, — это «чей?» — сын или дочь Макуна. Суффикс указывает на то, что фамилия сложилась в среде крестьян и посадских людей, где отчества на -ов/-ев стали закрепляться как наследственные в XVI–XVII веках.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где диалектное слово «макун» было в ходу. В этих краях «макуном» могли называть не только ремесленника, но и человека, который любил «макать» — например, плотника, подгоняющего детали «на мак», то есть на влажную подгонку.

Спорных версий тут немного. Соблазнительно связать Макуна с украинским или польским «мак» (цветок), но это натяжка: фамилия явно русская по суффиксу и ареалу. Ещё реже встречается предположение, что корень — от имени Макарий (разговорное Макар), но переход «Макар → Макун» не подтверждается историческими записями. Самое правдоподобное объяснение — профессиональное прозвище шапочника или бытовая кличка, данная по привычке макать.