Фамилия Макунин — одна из тех русских фамилий, где народная языковая привычка взяла верх над церковным каноном. В её основе лежит имя Макуня — просторечная, «домашняя» форма сразу нескольких крестильных имён. Чаще всего так сокращали имя Мокей (от греческого «насмешник»), но под ту же форму подходили Максим («величайший») и Макар («блаженный, счастливый»). В быту разница между этими именами стиралась: человека могли звать Макуней независимо от того, какое имя дали при крещении.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Макунин буквально значит «сын Макуни» или «из рода Макуни». Такая модель образования — одна из самых древних в русской фамильной системе, она закрепилась в XVI–XVII веках, когда фамилии на -ин и -ов вытесняли прежние полуотчества.

Существует и вторая, менее вероятная версия: что Макуня — не производное от христианского имени, а прозвище от слова «макушка». В говорах «макуня» могло означать верхушку, темя, а в переносном смысле — высокого человека. Однако эта гипотеза слабее, потому что прозвище Макуня в исторических документах почти не встречается, а вот имя Макуня как уменьшительная форма от Мокей или Макар фиксируется в переписных книгах XVII века.

География фамилии Макунин не слишком широкая: чаще всего она встречается в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Ярославской губерниях. Это косвенно подтверждает связь с именем Мокей, которое было особенно популярно именно на Русском Севере, где старообрядцы и крестьяне дольше сохраняли архаичные формы имён.

Точное время возникновения фамилии установить трудно: процесс перехода от отчества к наследственной фамилии растянулся на несколько столетий. Но можно уверенно сказать, что Макунины — не дворянский род, а крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где имя Макуня было привычным и не требовало пояснений.

В современных справочниках фамилию Макунин иногда путают с однокоренными Макушины, Макутины, Макурины — все они образованы от похожих народных форм имён, но с разными суффиксами и окончаниями. Макунин стоит особняком именно благодаря суффиксу -ин, который чётко указывает на прямое отчество от имени Макуня.