Фамилия Макунин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Макунин послужило церковное имя Мокей. Фамилия Макунин образована от имени Макуня, просторечной формы христианских мужских имен Мокей (в переводе с греческого – «насмешник»), Максим (в переводе с латинского – «величайший»), Макар (в переводе с греческого – «блаженный, счастливый»). Менее вероятно, что фамилия Макунин происходит от прозвища Макуня, которое восходит к нарицательному «макушка». В таком случае, так могли называть высокого человека. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Макуня, со временем получил фамилию Макунин. О точном месте и времени возникновения фамилии Макунин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Макунин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.