Фамилия Макуня в своей основе почти наверняка восходит к имени Максим. В старину имя Максим в повседневном общении сокращали и переделывали на свой лад: наряду с привычными Максюта и Макша, в ходу были и формы вроде Макуня. Корень здесь древнегреческий — «величайший, огромный». Само имя стало широко известно благодаря Максиму Исповеднику, христианскому богослову, который боролся с монофелитской ересью и пострадал за свои убеждения: его дважды осуждали, пытали и сослали в Колхиду, где он и умер. Позднее, на Шестом Вселенском соборе, его учение признали верным, а ересь осудили — эта история придала имени особый вес в православной среде.

Однако не стоит исключать и другие версии. Украинский или белорусский суффикс -уня часто образовывал ласкательные или уменьшительные формы от разных имен. Поэтому Макуня могла возникнуть и от Мокея (в переводе с греческого «насмешник»), и от Макара («блаженный, счастливый»). В пользу Максима говорит то, что это имя было гораздо более распространено на Руси, чем Мокей, а значит и его производных форм должно было быть больше. Тем не менее, в каждом конкретном роду предком-носителем фамилии мог быть и Макар, и Мокей — без точных генеалогических записей сказать наверняка нельзя.

Сама фамилия Макуня — довольно редкая. Она не попала в списки массовых дворянских или купеческих родов, а бытовала преимущественно в крестьянской и мещанской среде западных и южных губерний Российской империи. Обратите внимание на окончание: -я, а не -ов или -ин. Это указывает на то, что фамилия закрепилась в той форме, в которой человека называли в быту, без добавления патронимического суффикса. Такие «голые» фамилии чаще встречаются на Украине и в Беларуси, где фамилии на -а, -я, -ук, -юк особенно распространены. Если ваши предки носили фамилию Макуня, с высокой вероятностью их корни — в западнорусских землях, где имя Максим в народной форме Макуня дало начало целому ряду однокоренных фамилий вроде Макухин, Макушенко, Макушев.