Фамилия Макуева — женская форма от Макуев, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, которое носил предок по мужской линии. Основа фамилии — «Макуй» или «Макуя». Скорее всего, это некалендарное, то есть не церковное, имя или прозвище, которое давали в быту. В русских говорах слово «макуй» могло означать «глухой, тугой на ухо» или, напротив, «разиня, простофиля». В некоторых диалектах «макать», «макуть» — «стучать, колотить», так что прозвище могло относиться к человеку с тяжёлой походкой или к тому, кто работает с шумом. Есть и менее вероятная версия: от тюркского «маку» (крепость, опора) — но для фамилии, закрепившейся в русской среде, это скорее исключение.

Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Макуев — сын или потомок Макуя. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -й, -я (сравните: Кузя → Кузев, Гуля → Гулев). Географически фамилия редкая, встречается в основном в Поволжье и на Урале — регионах, где активно смешивались севернорусские, финно-угорские и тюркские говоры. Возможно, предок Макуевых был человеком с особенностью слуха или характера, которую окружающие запомнили как «макуй».

С точки зрения словообразования, фамилия не имеет уменьшительного суффикса, что говорит о её относительно позднем закреплении — скорее всего, в XVII–XVIII веках, когда прозвища уже не переделывали в ласкательные формы, а фиксировали как есть. Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Макаров, Макушин), то Макуева стоит особняком: у неё нет явной связи с именем Макар или глаголом «макать». Это самостоятельная ветвь, скорее всего, от местного прозвища. Известных носителей с этой фамилией в открытых источниках почти нет, что подтверждает её редкость и локальный характер.