Фамилия Миккуева — наглядный пример того, как географическое положение и местные языковые нормы формируют фамильный облик. Сразу заметна её нехарактерная для центральной России структура: двойное «к» и окончание «-ева» при мужской основе «Миккуй» указывают на северо-западное или финно-угорское происхождение. Скорее всего, фамилия сложилась на территории, где русский язык долго соседствовал с карельским, вепсским или ижорским — в бывших Олонецкой, Архангельской губерниях или в Приладожье.

Основа фамилии — прозвище или мирское имя Миккуй. Это местная, прибалтийско-финская форма христианского имени Михаил. В карельском и финском языках имя звучит как «Mikko», «Mikkо» или «Mikkу», что дало уменьшительные варианты с суффиксом «-уй» (как в русских именах Петруй, Васуй). Такая адаптация имени в русскую бытовую среду — обычное дело для смешанных территорий: церковное имя Михаил в народе превращалось в Микку, а уже от него — в фамилию Миккуев (буквально «сын Миккуя»).

Модель образования простая: суффикс «-ев» (фонетический вариант «-ов» после мягкого согласного) притяжательный, указывает на принадлежность. То есть Миккуев — это «чей?» — Миккуев, то есть потомок человека по прозвищу Миккуй. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Микку́ев.

В отличие от распространённых фамилий на «-ов», двойное «к» здесь не случайно — оно сохраняет исходное ударение и звучание финно-угорского прототипа. В письменных источниках XIX века можно встретить варианты Микуев, Миккеев, но форма с удвоенной «к» — самая точная передача произношения.

Носители фамилии Миккуева исторически — крестьяне или ремесленники из северных и северо-западных губерний, часто из старообрядческих общин. В советское время фамилия могла мигрировать в города вместе с переселенцами, но её ареал по-прежнему тяготеет к Карелии, Ленинградской и Вологодской областям.