Фамилия Миккуев — редкий пример, где корень, скорее всего, не славянский, а заимствованный, и это сразу задаёт направление поиска. Основа фамилии — имя или прозвище Миккуй. Суффикс -ев указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — Миккуев, то есть сын Миккуя. Но откуда взялся сам Миккуй?

Самая вероятная версия — финно-угорское происхождение. В карельском, вепсском и финском языках имя Микку (Mikku) — это народная форма от Микко, то есть русский аналог «Михаил». В прибалтийско-финской традиции имя Микку было распространено в Приладожье, Карелии и на смежных территориях. Русский суффикс -уй (Миккуй) мог возникнуть как адаптация финского окончания под русские прозвищные модели. Соответственно, Миккуев — это русифицированная фамилия, показывающая, что предок носителя был из карельской или вепсской среды, а затем обрусел.

Менее вероятная версия — связь с тюркским корнем «микку» в значении «слабый» или «нежный», но для фамилий на северо-западе России это нетипично. География бытования фамилии Миккуев — в основном Карелия, Мурманская и Архангельская области, реже Ленинградская. Фамилия не относится к дворянским или купеческим; её носители, скорее всего, происходят из крестьян или мещан, что типично для поздних патронимов, образованных от нецерковных форм имён.

Итого: Миккуев — фамилия, которая хранит след межэтнического контакта. Она говорит о том, что предок носителя, вероятно, был карелом или вепсом по имени Микку, который в русской среде стал Миккуем, а его дети записались уже по-русски.