Фамилия Миккова — женская форма от Микков, и её разумнее всего разбирать в связке с мужским вариантом. В основе лежит разговорная или диалектная форма крестильного имени. Скорее всего, перед нами вариант имени Михаил, которое в народной речи давало множество сокращений: Мика, Микка, Микей. Суффикс -ов- указывает на типичную русскую модель «чей?» — то есть Микков буквально «сын Микки» или «человек из семьи Микки». Фамилия эта редкая и поздняя по образованию: массово такие отчества на -ов закреплялись в XVI–XVII веках у крестьян и посадских людей, когда церковные имена уже успели обрасти просторечными формами.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «микка» могло быть прозвищем от глагола «микать» — мямлить, говорить невнятно. Но для фамилии такое объяснение слабее: прозвища от дефектов речи встречаются, но обычно они оформляются суффиксом -ин (Микин, Миккин), а не -ов. К тому же основа Микк- в качестве уменьшительного от Михаила встречается в ономастических записях по северо-западу России — в Новгородской и Псковской губерниях. Там имя Михаил в быту сокращали до Мик, Микка, Микула, что и дало фамилии Миков, Микков, Микулин.

Географически фамилия Микков (и Миккова) тяготеет к регионам, где было сильно новгородское влияние: современные Вологодская, Архангельская области, Карелия. В центральных областях России она почти не встречается. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на первый слог — Ми́ккова, что тоже типично для северных говоров, где имена вроде Ми́хайло произносили с ударением на корень.

Сословно носители фамилии — почти наверняка крестьяне или мещане. В дворянские роды такие «простые» отчества от уменьшительных имён не попадали, если только не было исключительной выслуги. Таким образом, Миккова — это «дочь или жена потомка Микки», где Микка — домашнее имя человека по имени Михаил, жившего, вероятно, где-то на Русском Севере.