Фамилия Микукова — женская форма от Микуков, а та образована от мужского личного имени или прозвища Микук. Основа здесь — древнерусское или диалектное Микук, которое, скорее всего, является производной формой от крестильного имени Микула (народный вариант Николая). В русских говорах Микула, Микулка, Микук — обычные сокращения для Николая: имя настолько частое, что давало десятки обиходных вариаций. Суффикс -ук в основе Микук типичен для западнорусских и украинских земель: он указывал на младшего члена семьи или просто на принадлежность («Микук» — малый Микула, сын или внук Микулы). Фамилия Микукова, таким образом, буквально значит «дочь (или жена) Микука».

Интересно, что в отличие от более распространённых Микулиных или Микуловых, форма Микуков встречается реже и имеет отчётливый региональный отпечаток. Судя по данным современных телефонных справочников и архивов, носители фамилии Микуков (и Микукова) концентрируются в Центральной России и Поволжье, особенно в Нижегородской и Владимирской областях. Это согласуется с историей заселения: именно в этих краях имя Микула было особенно популярно в XV–XVII веках и дало множество фамильных гнёзд.

Нельзя исключать и другую, более редкую версию: прозвище Микук могло возникнуть от глагола «микать» (моргать, щуриться) в некоторых говорах, но это маловероятно — имя Микула как основа перевешивает и по частоте, и по словообразовательной логике. Фамилия Микукова не принадлежала к дворянским родам — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где отчество на -ук постепенно закрепилось как наследственное.