Фамилия Микуков — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а прозвище, образованное от глагола с яркой эмоциональной окраской. Корень здесь — «микук-», который восходит к диалектному глаголу «микукать» или «микучить», что в ряде русских говоров (особенно северных и сибирских) означало «говорить невнятно, бормотать, мямлить». Человек, получивший такое прозвище, вероятно, обладал неразборчивой речью или имел привычку говорить себе под нос. Суффикс «-ов» — стандартный патронимический, указывающий на принадлежность: «сын Микука». Таким образом, Микуков — это «потомок того, кого звали Микуком».

Интересно, что фамилия почти не встречается за пределами России и не имеет параллелей в украинской или белорусской ономастике. Это указывает на её узколокальное происхождение, скорее всего, из северных регионов — Архангельской, Вологодской или Вятской губерний, где диалектная лексика с корнем «мику-» была наиболее употребительна. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иван → Иванов), Микуков не связан с церковным календарём и отражает бытовую характеристику человека — его манеру речи.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «микук» (в некоторых диалектах — «простак» или «увалень»). Но она спорна, так как фамилия не имеет характерных для тюркских заимствований суффиксов, а её географическое распространение (север России) не совпадает с зонами активного татаро-монгольского влияния. Поэтому версия с русским диалектным глаголом остаётся основной.

В дореволюционных источниках Микуковы — это преимущественно крестьяне и мещане. Среди дворянства фамилия не фиксируется, что типично для прозвищ, данных по внешнему или речевому признаку: такие фамилии редко попадали в родословные книги. Сегодня носителей Микуковых немного, и большинство живёт в центральной России и Поволжье, что говорит о миграции из исходных северных территорий в более тёплые регионы в XIX–XX веках.