Фамилия Микко — редкий случай, когда русская по форме фамилия имеет почти наверняка не русские корни. В ней нет суффикса -ов, -ев или -ин, которые типичны для подавляющего большинства русских фамилий. Окончание -о наводит на мысль об украинском или белорусском происхождении, где такие формы (Микко, Гаврило, Данило) обычны. Однако основа «Микк-» в славянских языках не встречается.

Самая вероятная версия — финно-угорское происхождение. В финском и карельском языках Микко (Mikko) — это распространённая форма имени Микаэль, то есть Михаил. В Карелии, на Кольском полуострове и в соседних регионах России фамилия Микко могла возникнуть у карелов, вепсов или финнов-ингерманландцев. Учитывая, что в XIX — начале XX века многие выходцы из Финляндии и карельских земель переселялись в центральные губернии и Сибирь, фамилия могла закрепиться в русскоязычной среде без изменения окончания.

Менее вероятная, но допустимая версия — происхождение от прозвища. В некоторых русских говорах «микка» или «микула» могло означать нечто мелкое, незначительное, но это лишь гипотеза без серьёзного подтверждения в ономастических словарях. Ни словарь Унбегауна, ни работы Никонова не фиксируют Микко как исконно русскую фамилию.

Географически фамилия встречается в основном на северо-западе России: в Ленинградской, Мурманской областях, в Карелии. Встречается и в Прибалтике, что тоже подтверждает прибалтийско-финский след. Носители фамилии Микко — это, скорее всего, потомки карелов или финнов, ассимилировавшихся в русской среде, но сохранивших фамилию в исходной форме.

Таким образом, Микко — это фамилия-имя, образованная от канонического имени Михаил через финское уменьшительное Микко, и её появление в России — прямое свидетельство многовековых контактов с прибалтийско-финскими народами.