Фамилия Микинева — женская форма от Микинев, а та, в свою очередь, образована через суффикс -ев, указывающий на принадлежность: «чей?» — Микинев, то есть сын или потомок Микиня. Основа здесь — краткая форма имени Микиня, которая восходит к полному имени Никита. В русской народной традиции имя Никита часто упрощали: отбрасывали начальное «Ни» и получали Микита, а от него — уменьшительные Микиня, Микень, Микеша. Так что фамилия Микинева по происхождению — патроним, отчество в третьем поколении.

Словообразовательный нюанс: суффикс -ев, а не -ов, появляется, когда основа оканчивается на мягкий согласный или на «й». В имени Микиня конечный звук мягкий (нь), поэтому закономерно пишем Микинев, а не Микинов. Это отличает фамилию от, скажем, Микитов, где основа твёрдая. Такая модель — одна из самых распространённых в русских фамилиях, но именно вариант с -ев на базе уменьшительного имени встречается реже, чем стандартные Никитин или Микитин.

Географически фамилия Микинева тяготеет к регионам, где в диалектах бытовала форма Микита вместо Никита. Это характерно для южнорусских и среднерусских говоров: например, Тульская, Рязанская, Орловская, Воронежская области. Встречается она и на Урале, куда переселенцы принесли свои прозвища. В дореволюционных переписях и метрических книгах носители фамилии чаще всего записаны как крестьяне или мещане — сословная принадлежность типичная для патронимических фамилий, которые массово закрепились после отмены крепостного права.

У фамилии есть двойник — Микинев с тем же корнем, но с ударением на второй слог. Разница в произношении могла возникнуть из-за местного говора или случайной фиксации в документах. Спорных версий, связывающих фамилию с тюркским корнем или с названием реки Микинь, нет — это натяжки, которые не подтверждаются ни исторической фонетикой, ни географией бытования. Проще и точнее объяснить её через народную форму канонического имени.