Фамилия Микина образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Микин, то есть сын или потомок человека по имени Мика. В основе лежит краткая форма крестильного имени, и здесь возможны два варианта, причём один из них значительно вероятнее.

Основная версия — происхождение от имени Никита. В русской народной традиции это имя часто сокращали до Микита, а затем и до Мики. Усечение первого слога — обычное явление для разговорной речи: так же появились фамилии Мишин (от Михаил), Митин (от Дмитрий). В документах XVII–XVIII веков форма Мика нередко фиксируется как самостоятельное прозвище или уменьшительное имя. Соответственно, Микина — «дочь или вдова Мики», а в застывшем виде — фамилия потомков.

Менее распространённая версия связывает основу с именем Михаил, которое в быту давало формы Мика, Микша. Однако для Михаила более типичны сокращения Миша, Миха, Миня, тогда как Мика — вариант именно для Никиты. Поэтому первая гипотеза надёжнее.

Фамилия Микина встречается преимущественно в центральных и северных регионах России. По данным современных исследований, наибольшая концентрация носителей — в Вологодской, Костромской и Кировской областях, что косвенно подтверждает её крестьянское происхождение: в этих краях фамилии на -ин закреплялись за простыми людьми, а не за дворянством.

Интересная деталь: написание через «и» (а не «ы») отличает эту фамилию от возможной однокоренной Микына, которая встречается в украинской среде. В русском варианте суффикс -ин после твёрдого согласного даёт именно «и», так что орфография строго соответствует правилам.