Фамилия Микихина — женская форма фамилии Мишихин, и её происхождение напрямую связано с мужским именем или прозвищем Мишиха. В основе лежит каноническое имя Михаил, которое в русских говорах часто приобретало разговорные формы: Миша, Мишук, Мишаня, а также Мишиха. Последняя форма — это прозвище от имени Миша с суффиксом -их(а), характерным для северных и сибирских говоров, где так называли человека по отцу или главе семьи: «чей ты?» — «Мишихин сын». Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Микихин — «сын Мишихи», то есть потомок человека, которого в обиходе звали Мишихой.

Словообразовательная модель здесь не самая частая. Фамилии на -ихин встречаются реже, чем на -ов или -ин, и обычно указывают на прозвищное, а не крестильное происхождение. В отличие от Мишин, где суффикс -ин присоединён прямо к имени Миша, Мишихин строится через промежуточное прозвище на -их(а), что добавляет оттенок бытовой, «дворовой» идентификации. Такую фамилию могли дать в среде, где человека называли не по имени, а по уличному прозвищу отца или деда — Мишиха.

С географической точки зрения фамилия Мишихин (и её женская форма) тяготеет к северным и центральным регионам России, где прозвища на -иха были особенно распространены. В документах XVII–XVIII веков можно встретить упоминания крестьян и посадских людей с подобными фамилиями в Вологодской, Архангельской, Костромской губерниях. Со временем написание могло меняться: под влиянием местного произношения Мишихин иногда превращался в Микихина — через «иканье», когда безударная «и» звучала как нечто среднее, и на письме закреплялась буква «и» вместо ожидаемой «е» или «и».

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её пытаются связать с тюркскими корнями, но это маловероятно: основа «Миха» и суффикс -их(а) — чисто русские. Другая гипотеза — происхождение от редкого нецерковного имени Микиха, но оно не зафиксировано в ономастиконах. Наиболее правдоподобным остаётся путь: Михаил → Миша → Мишиха → Мишихин → Микихина. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, и её носители в прошлом — скорее всего, люди из северных деревень, где прозвища по отцу были нормой.