Фамилия Микинина — женская форма, образованная от мужской фамилии Микинин. В русской традиции такие фамилии обычно закреплялись за женщинами через брак или наследование, но исходная мужская форма указывает на родоначальника. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант, который строится по типичной восточнославянской модели: основа плюс суффикс -ин.

Основа здесь — Микина. Это имя или прозвище, которое восходит к уменьшительной форме крестильного имени Никита. В народном произношении имя Никита часто звучало как Микита (с характерной для русских говоров заменой начального «н» на «м» под влиянием аканья или просторечия). От Микиты образовали краткую форму Микина — так в быту называли человека, носившего полное имя Никита. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Микинин, то есть сын или потомок Микины.

Таким образом, родоначальник Микининых — человек по имени Никита, которого в окружении звали уменьшительно Микина. Имя Никита (от греческого «победитель») было широко распространено на Руси, особенно в крестьянской и мещанской среде. Фамилия Микинин встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, где акающие говоры были нормой. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с такой фамилией, но массового распространения она не получила — это скорее редкий вариант на фоне более частых Никитин или Микитин.

Интересно, что фамилия Микинина (женская форма) может указывать на то, что её носительница — потомок по женской линии или вдова, но в современном употреблении она закрепилась как неизменяемая фамилия для женщин. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего Микитин — с тем же корнем, но с другим суффиксом (-ит-), который тоже образует притяжательные формы. Микинина же — более прямая и простая модель, без дополнительных звуковых наращений.