Фамилия Микков отвечает на вопрос «чей?» и образована от личного имени Микк — уменьшительной формы имени Миккель, которое, в свою очередь, входит в обширное семейство производных от библейского Михаил. С древнееврейского это имя переводится как «благонравный» или «подобный Богу», но в данном случае важнее не точный смысл, а то, как имя жило в народной среде.

Имя Миккель было широко распространено в Германии и Прибалтике, где лютеранская традиция дала ему множество обиходных форм. Микк — одна из них, короткая и ёмкая, как раз та, что легко приживалась в разговорной речи. На Руси такие формы нередко адаптировали: звучание «Микк» для русского уха было непривычным, поэтому при оформлении фамилии по русской модели к основе добавили патронимический суффикс -ов. Так и получился Микков — буквально «сын Микка», потомок человека, которого в обиходе звали Микк.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: имя отца или главы семьи становилось основой, а суффикс -ов указывал на принадлежность роду. Подобным образом из немецких и прибалтийских имён возникли, например, фамилии Анков, Брусков, Ганков. В случае с Микковым обращает на себя внимание двойная «к» — она сохраняет исходное написание имени-основы и выдаёт его иноязычные корни. Если бы фамилия формировалась из чисто русского уменьшительного имени, скорее всего, мы бы увидели форму Миков или Микин.

География бытования фамилии тоже подсказывает её происхождение. Микковы чаще встречаются в регионах, где исторически были сильны контакты с немецкими и прибалтийскими поселенцами: на северо-западе России, в Прибалтике, а также в Поволжье, куда в XVIII–XIX веках приглашали иностранных колонистов. Впрочем, фамилия редкая, и в общероссийских справочниках она не значится среди массовых.

Стоит оговориться: версия о происхождении от Миккеля — основная и наиболее правдоподобная, но не единственная. В некоторых говорах «миккой» могли прозвать человека с тихим, мягким нравом — от диалектного глагола «микать», то есть мямлить или говорить невнятно. Однако эта гипотеза выглядит слабее: прозвищная основа «мик-» в русских фамилиях встречается редко, а вот имя Микк в Прибалтике было вполне обычным. Поэтому корректнее считать, что фамилия Микков — это след межнационального культурного обмена, застывший в семейном имени.