Фамилия Макунина — женская форма фамилии Макунин. В её основе лежит имя Макуня, а это уменьшительная форма сразу нескольких христианских имён: Мокей (с греческого — «насмешник»), Максим (с латинского — «величайший») и Макар (с греческого — «блаженный, счастливый»). Такая многозначность типична для народных, обиходных форм: в быту одно и то же сокращение могли применять к разным полным именам.

Именно уменьшительный суффикс -ун(я) — главная подсказка о социальном положении предка. В русской традиции фамилии от полной, канонической формы имени (например, Мокеев или Макаров) чаще закреплялись за знатью и духовенством. А вот крестьяне, ремесленники и рабочие в обиходе звались сокращённо или ласкательно — отсюда и пошли Макунины. Значит, основатель рода, скорее всего, был человеком из простонародья, которого соседи звали не строгим церковным именем, а по-домашнему: Макуня.

Есть и другая, менее вероятная версия: что Макуня — это не имя, а прозвище от слова «макушка». В таком случае прозвище могли дать высокому человеку. Однако против этой гипотезы говорит то, что фамилия Макунина встречается в тех же регионах, где распространены фамилии от имён Мокей и Макар, а прозвищная версия не объясняет суффикса -ун-, который характерен именно для имён, а не для описательных прозвищ.

Суффикс -ин в окончании фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Макунин, то есть сын или дочь Макуни. Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий, наряду с -ов/-ев. Фамилия не княжеская и не дворянская — она из тех, что хранят память о повседневном имени предка, а не о его титуле или ремесле.