Фамилия Макунькин — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы докопаться до смысла, нужно разобрать слово по косточкам, а главное — понять, откуда взялась основа «макуньк-». Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ин, типичный для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Вопрос в том, что это за имя или прозвище.

Самый вероятный корень — Макуня. Это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Макар (греч. «блаженный, счастливый») или, реже, от Максим («величайший»). В народной речи имя Макар легко превращалось в Маку, Макушу, Макуню — так же, как Федя в Федюню, а Коля в Колюню. Таким образом, Макунькин означает «сын (или потомок) Макуни», то есть маленького Макара. В этом случае фамилия типична для центральных и северных регионов России, где суффикс -ин широко распространён, а имя Макар было одним из самых частых.

Есть и вторая, менее очевидная версия, связанная с диалектной лексикой. В некоторых говорах, особенно в Поволжье и на Урале, слово «макун» или «макунька» могло означать нечто маленькое, круглое — например, макушку, верхушку, или даже небольшой хлебец (каравай). В этом случае прозвище Макуня мог получить человек с круглой головой, низкорослый, или же пекарь, выпекавший такие булочки. Однако эта версия уступает первой по распространённости: в ономастике гораздо чаще фамилии образуются от личных имён, чем от редких бытовых слов.

С географией у Макунькиных всё скромно. Фамилия не массовая, встречается точечно. По данным современных телефонных справочников и архивов ЗАГС, основное гнездо — Пермский край и прилегающие области (Свердловская, Кировская). Это косвенно подтверждает версию с именем Макар: именно на Урале и в Прикамье фамилии на -ин от полных и уменьшительных форм имён — абсолютная норма. Встречаются Макунькины и в Москве, но это, скорее всего, результат миграции XX века.

Что интересно: фамилия сохранила древнюю, почти былинную форму. В старину могли сказать «Макунька», а не «Макуня», и это дало более редкий вариант — Макунькин (с твёрдым «н» и суффиксом -кин). Если бы прозвище было «Макуня», фамилия звучала бы как Макунин, но народная речь выбрала более ласковый, «домашний» вариант. Так что предки носителя этой фамилии, скорее всего, жили в крестьянской среде на северо-востоке европейской России, и их родоначальника звали Макаром, которого в кругу семьи называли Макуней.