Фамилия Макунькина, как и большинство русских фамилий на -ин, образована от мужского прозвища или имени. Основа здесь — Макунька. Это уменьшительно-ласкательная форма от имени Макар или, что реже, от прозвища Макун. Имя Макар (от греческого «макариос» — блаженный, счастливый) было на Руси распространено, и его народные варианты дали множество фамилий: Макаров, Макаркин, Макушин. Форма Макунька — характерный пример того, как имя «укорачивали» до домашнего, добавляя суффикс -уньк- (-унька), который придаёт слову ласковый оттенок. Так отца, которого звали Макаром, в семье могли называть Макунькой, а его дети становились Макунькиными.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная, связывает фамилию с диалектным словом «макун» или «макунька». В некоторых говорах так могли называть человека, который что-то макает (например, хлеб в соль или молоко), или, напротив, того, кто любит «макать» других — то есть дразнить или ябедничать. Однако прозвище Макунька с таким значением не зафиксировано в известных словарях русских прозвищ, поэтому версия с именем Макар остаётся основной.

Географически фамилия Макунькина встречается нечасто и привязана в основном к центральным и южным регионам России. Встречается она в Воронежской, Ростовской областях, а также в Поволжье. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть в среде крестьян или мещан, где прозвища на -унька были особенно популярны в бытовом общении.

С точки зрения словообразования, фамилия Макунькина стоит в ряду таких же «ласковых» фамилий, как Афонькин (от Афанасий), Миронькин (от Мирон), Кузьминкин (от Кузьма). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Макунькин, то есть сын или потомок Макуньки. Женская форма Макунькина — это не самостоятельная фамилия, а грамматическое изменение мужской, которое закрепилось за женщинами в документах.

Таким образом, предок современных Макунькиных, скорее всего, был человеком по имени Макар, которого в кругу близких звали ласково Макунькой. Фамилия сохранила эту тёплую, домашнюю форму, что делает её редкой и выразительной.