Фамилия Маркунина образована от уменьшительно-ласкательной формы Маркуня, которая, в свою очередь, восходит к каноническому имени Марк. В основе этого имени лежит римское родовое имя Marcus, а его значение спорно: латинисты склоняются либо к «слабый, вялый», либо к «родившийся в марте». В русской ономастике имя Марк, несмотря на свою древность, не было широко распространено в крестьянской среде, поэтому фамилии от его производных — Марков, Маркин, Маркунин — чаще встречались в среде духовенства и горожан.

Суффикс -ин в фамилии Маркунина указывает на принадлежность: «чей?» — Маркунин, то есть сын или потомок Маркуни. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где притяжательные фамилии на -ин особенно часты. Сама основа Маркуня — это народная, бытовая форма имени Марк, возникшая в разговорной речи через добавление уменьшительного суффикса -ун(я), который придавал имени ласковый или обиходный оттенок.

С апостолом и евангелистом Марком, который, по преданию, был сподвижником Петра и Павла, основал церковь в Александрии и принял мученическую смерть 25 апреля 68 года, имя прочно вошло в святцы. Однако напрямую связывать фамилию с библейским персонажем не стоит: скорее, имя Марк давали в честь святого, а уже от него пошли уменьшительные формы. Таким образом, носитель фамилии Маркунина — потомок человека, которого в быту звали ласково Маркуня.

Географически фамилия редкая и тяготеет к южнорусским и украинским говорам, где суффикс -ун(я) в личных именах встречается чаще, чем на севере. Встречаются также варианты написания Маркунин (мужской род) и Маркунины (множественное число), но женская форма Маркунина закрепилась как основная в документах.