Фамилия Маркунин — типичный пример русской «полуотческой» фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -ин. Этот суффикс, как правило, присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я, и означал «чей?» — то есть «сын такого-то». В данном случае основой послужило уменьшительно-ласкательное имя Маркуня, которое, в свою очередь, является производной формой от распространённого крестильного имени Марк.

Имя Марк — древнеримского происхождения. Его связывают либо с латинским словом marcus, означающим «молоток», либо с названием месяца марта (Martius), посвящённого богу войны Марсу. В народной этимологии, однако, чаще встречаются значения «слабый, вялый» или «родившийся в марте». В христианской традиции имя прославлено евангелистом Марком, который, по преданию, был сподвижником апостолов Петра и Павла в Риме, а затем основал Церковь в Александрии, где принял мученическую смерть в 68 году нашей эры.

Именно эта церковная популярность имени Марк обеспечила ему широкое бытование на Руси после Крещения. В быту, в крестьянской и посадской среде, полное имя часто заменяли домашними формами: Маркуша, Маркуня. От последней и возникла фамилия Маркунин. Буквально она означала «сын Маркуни» или «принадлежащий Маркуне». Со временем, когда фамилии закрепились в качестве наследственных, связь с конкретным предком по имени Маркуня стёрлась, и Маркуниными стали называть всех его потомков.

Интересно, что фамилия Маркунин географически не привязана к какому-то одному региону — она встречается и в центральных областях России, и на Севере, и в Сибири, что говорит о повсеместной популярности имени Марк в разных сословиях. Однако, в отличие от фамилий на -ов/-ев, форма на -ин чаще встречалась в северных и северо-восточных русских землях, где был распространён новгородский тип словообразования. Таким образом, предки Маркуниных вполне могли быть выходцами из новгородских или вятских пределов.