Фамилия Маркунов — относительно редкая, но прозрачная по происхождению. Её основа — имя Маркун, которое в русской традиции является производной формой от крестильного имени Марк. Уменьшительно-ласкательные суффиксы -ун, -уня в древнерусском языке активно использовались для образования обиходных имён: Марк — Маркун, как Иван — Ванюн, Пётр — Петрун. Таким образом, Маркун — это «маленький Марк» или просто сокращение, которое в быту могло полностью заменить полное имя.

Модель образования фамилии — стандартная патронимическая: суффикс -ов указывает на принадлежность «сын Маркуна» или «из рода Маркуна». В крестьянской и мещанской среде такие фамилии закреплялись в XV–XVII веках. Сложность в том, что у имени Марк есть и другие просторечные формы — Марко, Маркуша, Маркел. Поэтому Маркунов мог возникнуть не только от Маркуна, но и от прозвища, связанного с диалектным словом. В некоторых говорах «маркун» — это человек, который всё метит, ставит знаки, или, напротив, тот, кто носит неопрятную одежду (от «марать»). Однако эта версия менее вероятна: ударение в фамилии падает на второй слог (Марку́нов), что типично для имён с суффиксом -ун, а не для прозвищ от глагола «марать».

Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, особенно в Архангельской и Вологодской губерниях, где имя Марк было популярно среди старообрядцев. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти упоминания крестьян Маркуновых, но из-за редкости фамилии массовых исторических данных нет. В современной России носителей Маркуновых немного, что делает её хорошей «приметой рода»: если вы встретили однофамильца, велика вероятность, что у вас общие предки в пределах нескольких поколений.

Однокоренные фамилии — Марков, Маркушин, Маркелов — гораздо распространённее, и Маркунов стоит в этом ряду как более архаичный и локальный вариант. Носитель фамилии может с высокой долей уверенности считать, что его предок носил обиходное имя Маркун, а значит, был либо выходцем из северных регионов, либо принадлежал к среде, где имя Марк употреблялось в уменьшительной форме как полное.