Фамилия Маркунасов — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а литовское или польское имя, прошедшее через русскую словообразовательную машину. Корень — Маркунас, уменьшительная форма от имени Маркус (литовский вариант Марка или латинского Marcus). Суффикс -ас типичен для литовских фамилий и имён: он указывает на принадлежность к мужскому роду в литовской грамматике. Когда носитель такого имени попал в русскоязычную среду, к основе Маркунас добавили стандартный русский патронимический суффикс -ов. Получилась гибридная форма: литовское имя + русский «сыновий» суффикс. Это значит, что предок Маркунасовых, скорее всего, был литовцем или жителем бывшего Великого княжества Литовского (территории современной Литвы, Беларуси или восточной Польши), которого в документах записали по отцу — «Маркунасов сын».

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи. Встречается она редко, и её концентрация выше в Литве и на северо-западе Беларуси, а также среди потомков литовских переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В русских переписях XIX века такую фамилию могли записать как Маркунасов, Маркунасов, а иногда и просто Маркунас, если чиновник не стал русифицировать окончание.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Маркунасов — яркий пример того, как литовская антропонимика адаптировалась к русской. В Литве фамилии на -ас обычно не склоняются и не имеют притяжательного суффикса (Маркунас — это уже самостоятельная фамилия). Русская версия, наоборот, склоняется и подчиняется правилам: «Иван Маркунасов», «у Петра Маркунасова». Это говорит о том, что предок носителя фамилии, вероятно, перешёл в православие или был записан в русские ревизские сказки, где требовалась «правильная» фамилия с окончанием на -ов.

Однокоренных фамилий немного: Маркунас, Маркун, Маркунцев. Все они восходят к тому же литовскому Маркусу. Спорных версий здесь почти нет — корень прозрачный, а суффикс -ас однозначно указывает на литовское происхождение. Единственная альтернатива: если фамилия возникла не от имени, а от прозвища Маркунас (например, от литовского markus — «мелкий, низкорослый»), но это менее вероятно: в ономастике фамилии от имён встречаются чаще, чем от прозвищ с таким редким корнем.