Фамилия Маркунасова — довольно редкая и почти наверняка имеет литовские или жемайтские корни. В этом её главная особенность: она не вписывается в привычную славянскую модель на -ов/-ев, а образована от литовской основы с помощью русского суффикса принадлежности. Основа «Маркунас» — это литовская фамилия (Markūnas), которая, в свою очередь, происходит от крестильного имени Марк или его литовских народных форм (Маркус, Маркукас). Суффикс -ас (-is) в литовском языке типичен для фамилий, а окончание -ов(а) добавилось уже при русификации, когда носителя фамилии записывали в российские документы.

Если разобрать по косточкам: литовское Markūnas буквально значит «сын Марка» или «маленький Марк» (уменьшительно-патронимический суффикс -ūnas). Такая модель очень распространена в Литве и Жемайтии — например, фамилии Будрюнас, Садаунас. Когда эти люди переселялись на территорию современной России или попадали в официальную перепись, чиновники добавляли к основе русский суффикс -ов, превращая мужскую форму в Маркунасов, а женскую — в Маркунасова.

С географической точки зрения, фамилия Маркунасов/Маркунасова должна была закрепиться в регионах, куда активно переселялись литовцы в XIX — начале XX века: это юг Сибири, Алтай, а также западные губернии (Смоленская, Псковская, Витебская). В самой Литве фамилия в форме Маркунас встречается, но там она склоняется по литовским правилам, без русского окончания.

Версия о происхождении от прозвища «Маркун» (якобы от глагола «марковать») маловероятна: такого слова в русских говорах нет, а литовский след здесь очевиден благодаря суффиксу -ун-ас. Таким образом, предок носительницы фамилии Маркунасова был, скорее всего, литовцем или жемайтом по имени Марк, которого в документах записали на русский лад. Сословная принадлежность могла быть любой — от крестьян до мелкой шляхты, но чаще всего такие фамилии встречались у крестьян-однодворцев западных губерний.