Фамилия Маркунский — редкая и при этом прозрачная по происхождению. Её основа — имя Марк, а суффикс -ун-(-унск-) указывает на интересную словообразовательную модель, не столь частую, как стандартные -ов или -ин.

В центре фамилии лежит каноническое крестильное имя Марк (от латинского «молот» или, по другой версии, от имени бога войны Марса). От него образовали уменьшительную или обиходную форму Маркун (Марк + суффикс -ун, как в парах Иван — Иванун, Пётр — Петрун). Такие формы в старину были распространены в северных и центральных говорах Руси. Затем к основе Маркун- добавился типичный для польской и западнорусской традиции суффикс -ский, который первоначально имел значение принадлежности или происхождения: «Маркунский» — это «сын или потомок Маркуна», то есть того, кого в быту звали Маркуном.

Географически фамилия тяготеет к западным и юго-западным регионам бывшей Речи Посполитой — современной Беларуси, Украине, восточной Польше. Суффикс -ский там был распространён шире, чем в Московской Руси, и часто указывал на шляхетское или мещанское происхождение. Однако носителями Маркунских могли быть и крестьяне, получившие фамилию по имени отца или деда при переписях XIX века.

Стоит отметить, что в русском языке фамилии на -ский нередко возникали от названий населённых пунктов (например, Маркуны — гипотетическая деревня). Но для Маркунского более правдоподобна именно «патронимическая» версия: от личного имени Маркун. Подтверждение этому — наличие однокоренных фамилий Маркунов, Маркунин, Маркушин, которые образованы по другим суффиксальным моделям, но от той же основы. Таким образом, предок современного носителя фамилии Маркунский, скорее всего, был человеком по имени Марк, которого в своей среде называли Маркуном.