Фамилия Маркунова — женская форма, мужской вариант — Маркунов. В русской ономастике это довольно редкий случай, когда основа фамилии не очевидна на первый взгляд. Вопреки интуиции, корень здесь не «марк», а «маркун». А суффикс -ов указывает на типичную модель образования отчества или прозвища.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Маркун. Оно могло возникнуть от глагола «марковать» (ставить метку, клеймить) или от диалектного слова «маркун» — так в некоторых говорах называли нерасторопного, медлительного человека, того, кто «мается» или «маркует» (медлит). Есть и вторая версия: в южнорусских и украинских говорах «маркун» — это тот, кто любит метить, обозначать своё, отсюда могло пойти прозвище запасливого или дотошного хозяина.

Фамилия могла образоваться и от крестильного имени Марк, но с необычным суффиксом -ун. В русской традиции суффикс -ун часто придаёт имени или прозвищу пренебрежительный или шутливый оттенок (ср. «говорун», «крикун», «плаксун»). То есть Маркун — это «маленький Марк» или «Марк с характерной чертой». Такой способ словообразования встречается, но редко, что делает фамилию Маркунова ценной для историков языка — она сохранила живую народную модель прозвища, которая почти исчезла в современном русском языке.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью, где диалектная лексика сохранила слово «маркун» в значении «медлительный» или «тот, кто мается». Встречается она и в украинских областях, где могла быть записана как Маркуненко, а затем русифицирована. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами — прозвищная основа на -ун редко встречается среди дворянских фамилий, которые чаще образовывались от полных церковных имён.