Фамилия Меркунова — это женская форма фамилии Меркунов, а та, в свою очередь, — типичная «отческая» фамилия, образованная от имени-основы. Исходное имя — Меркул, народная форма церковного имени Меркурий. В православных святцах это имя носил раннехристианский святой, но в русской традиции оно закрепилось именно в упрощённом, разговорном виде — Меркул.

Сама модель образования проста и прозрачна: суффикс -ов присоединялся к основе имени, отвечая на вопрос «чей сын?». Меркунов — буквально «сын Меркула». В быту крестьянина или горожанина XV–XVII веков полное церковное имя «Меркурий» звучало тяжеловато, поэтому в повседневном общении его сокращали. Отсюда же пошли и другие фамилии-«родственники»: Меркулов, Меркурьев, Меркушин.

Интересно, что имя Меркурий в народной среде иногда переосмыслялось. В некоторых говорах «меркулом» могли прозвать мелкого торговца или пронырливого человека — по ассоциации с богом торговли в римской мифологии. Однако для фамилии Меркунова эта версия вторична. Прямое, документально подтверждённое происхождение — от канонического имени, которое давали при крещении. Оно не было редким, но и массовым не стало; фамилия Меркунова встречается рассеянно по разным регионам, без резкой привязки к одной местности.

С точки зрения сословной принадлежности: носители фамилии в большинстве своём — потомки крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией история не зафиксировала, что тоже косвенно подтверждает «простонародный» путь: имя давали без претензии на родовитость, просто по святцам.